Bei einer intestinalen Fruchtzuckerintoleranz (nicht zu verwechseln mit der hereditären Fructoseintoleranz, siehe unten) handelt es sich um eine erworbene Fruchtzucker-unverträglichkeit, welche durch langfristige falsche Ernährung, Umwelteinflüsse, häufiger Stress, Magen-Darm-Grippe, Antibiotika oder dauerhafte Einnahme von Medikamenten entstehen kann. Das Transportsystem Glut5 bildet sich aus bisher unerforschten Gründen zurück, so dass die Verarbeitung der Fructose nicht mehr richtig stattfinden kann. Normalerweise wird die Fructose durch die Dünndarmwand ins Blut transportiert, dieses passiert jedoch nicht, so dass es zu Fehlern in diesem Transportsystem kommt. Die Fructose gelangt vom Dünndarm in den Dickdarm und wird dort von Bakterien abgebaut. Es handelt sich bei einer Fruchtzuckerintoleranz nicht um eine Allergie, bei der schon geringe Dosen des Allergens zu lebensbedrohlichen Situationen führen können. Die Toleranzgrenze ist unter den Betroffenen sehr unterschiedlich und schwankt oft sogar sehr stark. (siehe Lebensmittelallergie)
Die Möglichkeit dieses Ungleichgewicht medizinisch wieder herzustellen gibt es leider (noch) nicht, meist handelt es sich um eine dauerhafte Erkrankung.
Die Toleranzgrenzen können durch Ernährungsumstellung und viel Bewegung deutlich verbessert werden.
Die hereditäre Fructoseintoleranz dagegen ist eine extrem seltene, sehr schwere und angeborene Stoffwechselerkrankung. Etwa einer von 20 000 Neugeborenen ist betroffen. Sie können überhaupt keine Fructose verdauen und müssen sie lebenslang meiden, denn schon kleinste Diätfehler können zu lebensbedrohlichen Zuständen führen. Meist entdecken Ärzte das Leiden schon nach dem Abstillen. Anzeichen sind Gedeihstörungen des Babys, starke Unterzuckerung und veränderte Leberwerte.