Eine Lebensmittelintoleranz kann ähnliche Symptome wie eine Nahrungsmittelallergie hervorrufen, wobei das Immunsystem in diese Reaktionen nicht verwickelt ist. Lebensmittelintoleranz entsteht, wenn der Körper ein Nahrungsmittel oder einen Nahrungsmittelbestandteil nicht richtig verdauen kann. Eine Ursache dafür kann bspw. ein Enzymdefekt sein. Während Menschen mit einer Lebensmittelallergie im Allgemeinen das unverträgliche Nahrungsmittel insgesamt eliminieren müssen, können Menschen mit einer Intoleranz häufig kleine Mengen eines Nahrungsmittels oder Nahrungsmittelbestandteils ohne Symptome vertragen. (Siehe auch Laktoseintoleranz, Fruchtzuckerintoleranz.)